Der japanische Mönch Mikao Usui (1865-1926) entwickelte Reiki als ein System der spirituellen Praxis, das Wissen und Techniken aus verschiedenen Traditionen vereint. Heilung soll durch den Einsatz von Symbolen, die wie Talismane eingesetzt werden, sowie durch Handauflegen bewirkt werden.

Im Reiki sind Einflüsse aus Buddhismus, Taoismus und tibetischen Schriften erkennbar.

Zur Entstehung der therapeutischen Ausrichtung der spirituellen Praxis gibt es eine Legende, die oft von Usuis Nachfolgern wiedergegeben wird:

Mikao Usui soll eines Tages 2500 Jahre alte, in Sanskrit verfasste tibetanische Sutras entdeckt haben, in denen die therapeutische Wirkung des Handauflegens mit Hilfe von Reiki-Symbolen dargelegt wurde.

Da Usui diese Reiki-Symbole nicht zu interpretieren wusste, zog er sich zur Meditation auf den japanischen Berg Kuriyama zurück, wo er nach drei Wochen des Fastens und Meditierens eine Vision hatte.

Am folgenden Morgen stiess er seinen Fuss an einem Stein blutig. Als Usui seine Hände auf die Wunde legte, sei die Blutung gestillt worden. Am gleichen Tag konnte er eine Frau von Zahnschmerzen befreien. So begann Usui, mit seinen Händen Menschen zu heilen und die Methode Reiki später auch zu unterrichten.

Usuis Schüler Chijiro Hayashi (1879-1940) wollte aus der spirituellen Praxis eine Heilmethode entwickeln und gründete nach Usuis Tod um 1930 in Tokio die erste private Reiki-Klinik.

Hayashis Nachfolgerin Hawayo Takata (1900-1980) wiederum machte Reiki von Hawaii aus international bekannt. Bis zu ihrem Tod 1980 weihte sie 22 Reiki-Meister und -Meisterinnen ein, um ihr Wissen weiterzugeben.

Takatas Enkelin Phyllis Furumoto wird heute von vielen Reiki-Meistern als Grossmeisterin des Usui-Systems anerkannt. Sie gründete die „Reiki-Allianz“ und lehrt in drei Graden mit etwa fünf Zeichen. Barbara Ray, die auch von Takata eingeweiht worden war, bezweifelt Furumotos Legitimität als Nachfolgerin Takatas und nimmt für sich selbst den Titel der Grossmeisterin in Anspruch. In ihrer eigenen Organisation, der heutigen „The Radiance Technique Association International“ (T.R.T.A.I.), lehrt sie mit sieben Graden und etwa 30 Zeichen. So gibt es heute zwei Reiki-Richtungen, wobei in Europa vor allem das Usui-System von Furumoto Verbreitung gefunden hat.